由于它们的除尘器机理不同，使用条件不同，比较如下。在烟气量不变的情况下，由于锅炉燃烧工况的变化，烟气浓度会发生变化，电除尘器的排放浓度也会随着烟气含尘量的增加而增加。
袋式除尘器的排放浓度基本不变。在烟气含尘浓度不变的情况下，由于锅炉运行工况或负荷的变化，烟气量发生变化。对于电除尘器，除尘效率随烟气量的增加而降低，除尘效率随烟气量的减小而提高。
袋式除尘器除尘效率基本不变，但烟气量增加过多，由于滤网速度的提高，长期运行会影响滤袋的使用寿命。当锅炉混入可燃气体时，锅炉烟气温度变化对电除尘器的效率不敏感。如果袋的温度过高，则不会影响袋的温度。
煤种的变化会引起粉尘特性的变化，而电除尘器煤种的变化会引起粉尘化学成分和粉尘特性的变化，从而影响电除尘器的除尘效率。袋式除尘器：不是很灵敏，只要滤料选择得当，除尘效率不会受到影响。
